1. No existe información sobre diferentes grupos taxonómicos como: Labyrinthulomycota, Hyphochytriomycota, Protosteliomycetes, Trychomycetes, Ceratobasidiales, Cryptobasidiales, Cryptomycocolacales, Cyttariales, Dimargaritales Echinosteliopsidales, Elaphomycetales, Laboulbeniales, Lahmiales, Medeolariales, Melanogastrales, Myzocytiopsidales, Neocallismastigales, Neolectales, Pneumocystidales, Protomycetales, Rhipidiales, Salilagenidales, Schizosaccharomycetales, Sclerosporales, Septobasidiales, Spathulosporales, Taphrinales y Triblidiales.

2.   En comparación con lo reportado a escala mundial, poca información sobre los siguientes grupos: Plasmodiophoromycota, Basidiomycota, Coelomycetes, Cantharellales, Cortinariales, Dacrymycetales, Diatrypales, Dothideales, Entomophthorales Erysiphales, Exobasidiales, Gomphales, Graphiolales, Lachnocladiales,  Leptomitales, Lichinales, Phallales, Phyllachorales, Platygloeales, Rhytismatales, Saprolegniales, Teloschistales Thelephorales, Trichosphaeriales y Uredinales.

3.   Prácticamente ninguna información en hongos sobre vertebrados de vida libre, acuáticos, marinos, coprófilos, en cuevas, sobre plantas endémicas y amenazadas,  como saprobios de plantas cultivadas, patógenos de las plantas silvestres y endófitos. 

4.   Insuficiente información acerca de hongos micófilos, ectomicorrizógenos, del suelo, rocas, sobre invertebrados, vertebrados domesticados y en cautiverio, ambientales, oportunistas en el hombre, sobre alimentos y otros materiales producidos por el hombre.

5.   A pesar de que el substrato mejor estudiado mundialmente para el caso de los hongos son las plantas, el conocimiento que existe de la micobiota cubana sobre especies de plantas superiores es relativamente pobre. Estos bajos porcentajes se deben a que las colectas del material fúngico no siempre están acompañadas de una identificación de las plantas hospederas.

6.   Falta de especialistas que aborden el estudio de grupos de hongos desconocidos o poco estudiados.

7.  Dificultad para coordinar e integrar el trabajo de las Instituciones participantes pertenecientes a diferentes Organismos y Ministerios.

8.   Existe un desconocimiento marcado acerca de los hongos en la población cubana.

9.  El tratamiento de los hongos en los programas educacionales básicos es insuficiente, excepto en la educación superior donde está acorde con los requerimientos de las diferentes especialidades.

10. Se aborda pobremente el estudio y conservación de los hongos en los medios de difusión radial y televisiva, aunque se incluyen algunos aspectos de esta temática en programas sobre Educación Ambiental.

11. Existen  grupos de aficionados, organizaciones no gubernamentales e instituciones de carácter recreativo científico cultural que incluyen en su actividad el estudio de los hongos, pero de manera dispersa.

12. En la actualidad no hay una asociación nacional que reúna a profesionales y aficionados a la micología independientemente de su especialidad.

13. Las Reservas de las Biosfera  Península de Guanahacabibes, Cuchillas del Toa y Baconao están pobremente estudiadas desde el punto de vista de su micobiota.

14. No existe información sobre hongos de Jardines Botánicos como el Orquideario de Soroa y el Jardín de Helechos de Santiago de Cuba.

15. En la Estrategia Nacional de Educación Ambiental no están incluidos adecuadamente los aspectos relacionados con el estudio, uso y conservación de los hongos en Cuba.

16. Existen áreas que han sido poco colectadas e incluso algunas de las que no se tiene ninguna información sobre los hongos que la habitan. Estas zonas son por lo general poco accesible y con una gran biodiversidad.

17. Ecosistemas poco estudiados como por ejemplo los ecosistemas costeros. 

18. No existe una red nacional de herbarios y ceparios. La información contenida en esas colecciones por lo general no está automatizada.

19. Aunque existen algunos herbarios y ceparios importantes existen dificultades para mantener en buen estado las colecciones de referencia.

20. Poca o ninguna información sobre hongos en diferentes substratos, como por ejemplo hongos acuáticos (tanto marinos como de agua dulce), hongos del aire, hongos del suelo, endófitos, hongos sobre insectos y otros invertebrados, hongos coprófilos, hongos micófilos, etc.

21. No existe integración de la información sobre hongos con la de otros organismos para  apoyar estrategias de conservación in situ.

22. Deficiente política de educación y divulgación acerca de la importancia de los hongos en la vida. Esto incluye el tratamiento que se le da a los hongos en los diferentes niveles de enseñanza.

23. En la legislación ambiental vigente todavía no están contemplados algunos aspectos relacionados con el uso y conservación de los hongos y no existe ninguna normativa específica para este grupo de organismos.

24. Aunque hay en el país instituciones con buena infraestructura y recursos, existen en general problemas con las comunicaciones. Estas limitaciones de recursos también se manifiesta en el equipamiento científico, reactivos de laboratorio y sobre todo en transporte de expedición y combustible para poder llegar a zonas alejadas y ricas en biodiversidad.

25. Existencia de poca literatura en algunos grupos taxonómicos, y en general existen pocas revistas micológicas actualizadas en las bibliotecas del país.